PubMed

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接觸
研究中心美國國家醫學圖書館(NLM)
發布日期1996年1月; 26年前
使用權
網站PubMed.ncbi.nlm。NIH.gov

PubMed是免費的搜索引擎主要訪問Medline數據庫參考和摘要生命科學生物醫學話題。這美國國家醫學圖書館(NLM)國立衛生研究院維護數據庫作為Entrez系統信息檢索.[1]

從1971年到1997年,在線訪問MEDLINE數據庫主要通過機構設施,例如大學圖書館.[2]PubMed於1996年1月首次發行,迎來了私人,免費,家庭和基於辦公室的MEDLINE搜索時代。[3]從1997年6月開始,PubMed系統免費向公眾提供。[2]

內容

除MEDLINE外,PubMed還提供了:

許多PubMed記錄包含了全文文章的鏈接,其中一些是免費的,通常是在PubMed Central[5]和本地鏡子,例如歐洲PubMed Central.[6]

在NLM目錄中找到有關MEDLINE索引的期刊的信息,並通過PubMed獲得。[7]

截至2020年1月27日,PubMed有超過3000萬的引用和摘要可追溯到1966年,有選擇地到1865年,非常有選擇地到1809年。,2000萬PubMed的記錄都列出了摘要,而2150萬記錄具有與全文版本的鏈接(其中有750萬篇文章可用,免費提供)。[8]在過去的10年中(截至2019年12月31日),每年平均增加了近100萬次新記錄。PubMed中約有12%的記錄對應於與癌症相關的條目,這些條目已從1950年代的6%增長到2016年的16%。[9]其他很大比例的記錄對應於“化學”(8.69%),“治療”(8.39%)和“感染”(5%)。

在2016年,NLM更改了索引系統,以便發布者能夠直接糾正PubMed索引文章中的錯別字和錯誤。[10]

據報導,PubMed包括在掠奪性期刊上發表的一些文章。用於選擇數據庫包含期刊的MEDLINE和PUBMED策略略有不同。PubMed Central在PubMed Central中索引期刊的弱點和程序可能會使掠奪性期刊的出版物洩漏到PubMed中。[11]

特徵

網站設計

2009年10月推出了一個新的PubMed界面,並鼓勵使用這種快速,類似Google的搜索配方;它們也被描述為“電報”搜索。[12]默認情況下,結果已按最近的最新分類,但是可以將其更改為最佳匹配,出版日期,第一作者,最後作者,日記或標題。[13]

PubMed網站設計和域名於2020年1月更新,並於2020年5月15日默認,並具有更新和新功能。[14]許多經常使用該網站的研究人員的關鍵反應。[15]

用於手持/手機的PubMed

可以通過手持設備訪問PubMed/Medline,例如“微微”NLM創建的選項(針對重點的臨床問題)。[16]還提供了對移動友好,簡化的PubMed版本的訪問權限的“ PubMed Mobile”選項。[17]

搜索

標準搜索

可以通過將主題的關鍵方面輸入PubMed的搜索窗口來進行PubMed的簡單搜索。

PubMed翻譯此初始搜索公式,並自動添加字段名稱,相關的網格(醫學主題標題)術語,同義詞,布爾運算符,並適當地“嵌套”所得的術語,從而顯著增強搜索配方,特別是通過常規結合(使用OR OR(使用OR))運算符)文字和網格術語。

PubMed教程中給出的示例[18]演示此自動過程如何工作:

導致睡眠步行被翻譯為(“病因” [副標準]或“病因” [所有字段]或“原因” [所有領域]或“因果關係” [網格術語]或“因果關係” [所有領域])(“ somnambulism” [網格術語]或“ somnambulism” [所有田野]或(“ sleep” [所有田野]和“ walking”(所有田野))或“睡眠步行” [所有田野])

同樣地,

柔軟的攻擊預防阿司匹林被翻譯為(“心肌梗死” [網格術語]或(“心肌” [所有場]和“梗塞” [所有場])或“心肌梗塞” [所有領域]或(“所有領域”)或(“心臟” [所有領域]和“所有領域)和”攻擊“ [所有字段])或“心髒病” [所有領域])(“阿司匹林” [網格術語]或“阿司匹林” [所有領域])(“預防和控制” [副標準]或(“預防” [所有字段]和“控制” [所有字段])或“預防和控制” [所有領域]或“預防” [所有領域])

全面搜索

為了在PubMed進行最佳搜索,有必要了解其核心組件,MEDLINE,尤其是用於索引Medline文章的網狀(醫學主題)受控詞彙。他們還可能需要復雜的搜索策略,使用字段名稱(標籤),適當使用限制和其他功能;參考圖書館員和搜索專家提供搜索服務。[19][20]

僅建議對PubMed的搜索窗口進行搜索,以搜索尚未創建網格標題的明確主題或新干預措施,以及尋找藥品和專有名詞的商業品牌的搜索。當沒有合適的標題或描述符代表部分方面時,它也很有用。使用詞庫網的搜索更為準確,並且將更少的無關結果。此外,它節省了自由文本搜索的缺點,在這種搜索中,必須考慮拼寫,單數/複數或縮寫差異。另一方面,最近將尚未分配描述符的文章合併到數據庫中。因此,為了確保詳盡的搜索,必須使用受控語言標題和自由文本術語的組合。[21]

期刊文章參數

當索引期刊文章時,將提取並將許多文章參數作為結構化信息存儲。此類參數為:文章類型(網格術語,例如“臨床試驗”),次要標識符,(網格條款),語言,期刊或出版物歷史記錄(電子出版日期,印刷期刊出版日期)。

出版類型:臨床查詢/系統評價

發布類型參數允許通過出版物類型,包括各種臨床研究的報告。[22]

次要ID

自2005年7月以來,MEDLINE文章索引過程從文章摘要中提取標識符,並將其放置在稱為輔助標識符(SI)的字段中。次級標識符場是將登錄編號存儲到分子序列數據,基因表達或化學化合物和臨床試驗ID的各種數據庫中。對於臨床試驗,PubMed提取了兩個最大試驗註冊表的試驗ID:臨床Trials.gov(NCT標識符)和國際標準隨機對照試驗號登記冊(IRCTN標識符)。[23]

也可以看看

可以標記特別相關的參考,可以標記“相關文章”。如果相關,可以選擇幾項研究,並使用“查找相關數據”選項生成(PubMed或任何其他NCBI Entrez數據庫)。然後按“相關性”順序列出相關文章。為了創建這些相關文章的列表,PubMed使用強大的單詞加權算法比較了每個引文的標題和摘要以及分配的網格標題的單詞。[24]“相關文章”功能被認為是如此確切,以至於論文的作者建議可以使用它代替完整的搜索。[25]

映射到網格

PubMed會自動鏈接到網格項和子標題。例子將是:“口臭”鏈接(並包括在搜索中)“漏洞”,“心髒病發作”到“心肌梗死”,“乳腺癌”與“乳腺癌”。在適當的情況下,這些網格項會自動“擴展”,也就是說,包括更具體的術語。諸如“護理”之類的術語自動與“護理[網格]”或“護理[副標題]”相關。此功能稱為自動術語映射,默認情況下在自由文本搜索中頒布,但不是精確的短語搜索(即用雙引號封閉搜索查詢)。[26]此功能使PubMed搜索更加敏感,並通過補償醫學術語的多樣性來避免虛假陰性(錯過)命中。[26]

在以下情況下,PubMed不會對該術語進行自動映射:通過編寫引用的短語(例如,“腎臟同種異體移植”),當在星號上截斷時(例如,腎臟同種異體移植物*),以及使用現場標籤查看時(例如,癌症[ti])。[21]

我的ncbi

PubMed可選設施“我的NCBI”(帶有免費註冊)為

  • 保存搜索
  • 過濾搜索結果
  • 設置電子郵件發送的自動更新
  • 保存作為PubMed搜索一部分檢索的參考集
  • 配置顯示格式或突出顯示搜索術語

以及多種其他選擇。[27]可以從任何具有Web-Access的計算機訪問“我的NCBI”區域。早期版本的“我的NCBI”被稱為“ PubMed Cubby”。[28]

鏈接

LinkOut是NLM鏈接和提供全文本地期刊持有量的NLM設施。[29]大約3200個網站(主要是學術機構)參加了該NLM設施(截至2010年3月), 從奧爾堡大學在丹麥Zymogenetics在西雅圖。[30]這些機構的用戶在PubMed搜索結果(如果期刊在該機構持有期刊)中查看其機構的徽標,並可以訪問全文。由於2019年夏季的重大平台更新,鏈接正在與外部工具合併。[31]

PubMed Commons

2016年,PubMed允許作者的文章對PubMed索引的文章發表評論。此功能最初是在試點模式下(自2013年以來)測試的,並於2016年永久進行。[32]2018年2月,由於“用法仍然很少”,PubMed Commons被停止了。[33][34]

AskMedline

AskMedline是NLM開發的Medline/PubMed的自由文本,自然語言查詢工具,也適用於手持式手持。[35]

PubMed標識符

一個PMID(PubMed標識符或PubMed唯一標識符)[36]是一個唯一的整數值, 開始於1,分配給每個PubMed記錄。PMID與PMCID(PubMed Central標識符),它是在免費訪問中發布的所有作品的標識符PubMed Central.[37]

將PMID或PMCID分配到出版物上,沒有任何內容告訴讀者內容的類型或質量。PMID被分配給給編輯的信,編輯意見,專欄列以及編輯選擇在期刊中包含的任何其他作品以及經過同行評審的論文。標識號的存在也不能證明論文沒有縮回欺詐,無能或不當行為。關於任何的公告更正將原始論文分配給PMID。

默認情況下,在PubMed搜索窗口中輸入的每個數字都像PMID一樣。因此,PubMed中的任何參考都可以使用PMID找到。

替代接口

Medline是可以通過PubMed訪問的數據庫之一。幾家公司通過其平台提供了MEDLINE的訪問權限。

國家醫學圖書館將MEDLINE信息租賃給許多私人供應商,例如embaseOvid對話EBSCO,知識發現者以及許多其他商業,非商業和學術提供者。[38]截至2008年10月,已經頒發了500多個許可證,其中200多個向美國以外的提供者發放了許可證。由於可以免費獲得使用MEDLINE數據的許可,因此NLM實際上為廣泛的範圍提供了免費的測試場[39]PubMed的替代界面和第三方添加是一個非常大的專業策劃數據庫之一,可提供此選項。

Lu確定了28個當前和免費的基於Web的PubMed版本的樣本,不需要安裝或註冊,這些版本分為四類:[39]

  1. 排名搜索結果,例如:Elblast; Medlineranker;[40]錯誤搜索;[41]
  2. 例如,主題,作者,期刊等的聚類結果:安妮·奧塔特[42]集群;[43]
  3. 例如:EBIMED;[44]Medevi。[45]
  4. 改善搜索接口和檢索經驗,例如AskMedline[46][47]Babelmesh;[48]和PubCrawler。[49]

由於大多數和其他替代方案基本上依賴於NLM/PubMed租賃的PubMed/Medline數據,因此已經提出了“ PubMed衍生物”一詞。[39]無需存儲約90 GB的原始PubMed數據集,任何人都可以使用Eutils-application Program接口編寫PubMed應用程序,如“深入的E-utilities:參數,語法等”中所述。[50]以PMID數字為輸入的各種引用格式生成器是使用Eutils-Application程序接口的Web應用程序的示例。示例網頁包括引用發生器 - 米克·施羅德(Mick Schroeder)PubMed引文發生器 - 一周的超聲pmid2cite, 和為我引用這個.

PubMed的數據挖掘

在PubMed中挖掘數據的替代方法,例如MATLABPython或者r。在這些情況下,PubMed的查詢寫為代碼行並將其傳遞給PubMed,然後直接在編程環境中處理響應。代碼可以自動化為具有不同關鍵字的系統查詢,例如疾病,年份,器官等。最近的出版物(2017年)發現,PubMed的癌症相關條目的比例已從1950年代的6%上升到2016年的16%。。[9]

PubMed可訪問的數據可以使用非官方工具(例如MEDOC)在本地進行反映。[51]

數百萬PubMed記錄增強了各種打開數據數據集關於開放訪問, 喜歡Unmainwall。數據分析工具之類的工具Untaywall期刊圖書館用來協助大事取消:圖書館可以避免訂閱已經瞬間提供的材料開放訪問通過開放檔案像PubMed Central。[52]

也可以看看

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外部鏈接