子基
命名約定
儘管人線粒體DNA （mtDNA）和Y染色體DNA（Y-DNA）單倍群和子映射以類似的方式命名，但它們的名稱屬於完全獨立的系統。
mtDNA
mtDNA單倍群是由高變量區域中的一系列單核苷酸多態性（SNP）標記來定義的，線粒體DNA的編碼區域。它們以大寫字母A到Z的名字命名，進一步使用數字和較低案例字母的子映射。
Y-DNA
Y-DNA單倍體由Y染色體上的一系列SNP標記來定義。子基質由末端SNP定義，Y染色體系統發育樹中的SNP最向下。
人Y-DNA
Y染色體聯盟（YCC）開發了一種用大寫字母A到T的命名主要人類Y-DNA單倍群的系統，並進一步使用數字和較低案例字母（YCC Longhand命名）命名。 YCC速記命名法名稱y-dna單倍群及其子組，並用主要的Y-DNA單倍群的第一個字母，然後是破折號和定義終端SNP的名稱。 Y-DNA單倍型命名法隨著時間的流逝而變化，以適應被發現和測試的SNP的增加，以及Y染色體系統發育樹的膨脹。命名法的這種變化導致在不同來源中使用了不一致的命名法。這種不一致且越來越繁瑣的長手命名法促使人們採取了更簡單的速記命名。